法蘭Y型過濾器在各種系統中主要是起到過濾的作用，在長時間的使用下，內部會積累很大一部分的雜質。此時就需要對法蘭Y型過濾器進行清洗，否則內部雜質堆積或者黏在濾網上會降低管道流速，產生較大的壓降，清洗完成之后的法蘭Y型過濾器方可再次實現其過濾性能。

法蘭Y型過濾器其中安裝有濾網，其過濾的作用主要就是來自于濾網。在清洗法蘭Y型過濾器的時候，就先需要對濾網進行清洗。具體的方法是直接拆出濾網進行清水沖洗，而若是濾網存在損壞，可以考慮對其直接進行更換。

在一些粘稠液體的運輸管道中，法蘭Y型過濾器的內壁往往也會沾上很多雜質，單靠對濾網的清洗無法達到清潔的效果。此時就需要將法蘭Y型過濾器從系統上拆卸下來，以高壓噴水或噴氣對其管道內部進行清洗。